Будь-які суперечки, які виникали між козаками, виносились на суд. Суд у козаків був словесний, але зі здоровим глуздом. Суддями була військова старшина. Головним суддею вважався кошовий отаман (його вирок не підлягав апеляції до Гетьмана). Злочинець і постраждалий викладали перед суддями суть справи, після цього виносився усний вирок який і припиняв усі чвари й непорозуміння. Перед суддями усі були рівними.
Покарання були різними, в залежності від характеру скоєного злочину. За що карали:
- Вбивство побратима
- Крадіжку
- За зв'язок з протилежною статтю
- За содомський гріх
- За зухвалість щодо старших за званням
- За кривду жінки
- За пияцтво під час походу
Найтяжчим злочином було вбивство козака. За це, вбивцю прив’язували до вбитого і ховали разом з ним. За даними істориків таких випадків на Січі було зафіксовано не більше десяти.
Також смертною карою "віддячували” за крадіжку у козака. Але смертної кари можна було минути, якщо яка-небудь жінка одружиться з цим невігласом. У такому випадку крадія відпускали на всі чотири сторони, але він більше ніколи не мав права ступати на Січ Запорізьку.
Неминуча смерть чекала на того хто скривдить жінку. Адже такий злочин «знеславленню усього Війська Запорізького служить». Таке ставлення до жіночої постаті говорить про високу мораль козаків. Ніде, у XVIII ст. не можна було зустріти такої поваги до жінки як у козаків.
Крім смертної кари для покарання злодіїв використовувались й інші методи покарання, такі як:
- прив’язування до гармати на площі;
- шмагання нагаями під шибеницею;
- дуель, коли виникали взаємні сварки.